У київському Динамо Ігнатьєв з невеликою перервою працював асистентом Юрія Сьоміна у 2009-2012 роках. Під керівництвом цього тренерського штабу кияни виграли чемпіонство та дійшли до півфіналу Кубка УЄФА у сезоні-2008/09.
Найбільшим успіхом у тривалій тренерській кар’єрі Ігнатьєва стала перемога юнацької збірної СССР на чемпіонаті Європи 1988 року.
На відміну від Сьоміна та Газзаєва, Борис Петрович ніколи відкрито не підтримував російського вторгнення в Україну. Максимум, що він говорив з цього приводу – висловлював сподівання, що Росію допустять до міжнародних змагань, нагадав сайт Sport.ua.
У січні 2026 року Ігнатьєв провів понад два тижні у лікарні, де проходив лікування від онкології. 26 січня стан Бориса Петровича різко погіршився, йому викликали швидку, але це не допомогло. Ігнатьєв пішов із життя в ніч проти 27 січня.
