Боннар помер у віці 45 років від серцевих ускладнень. Він є членом Зали слави UFC та назавжди залишиться у пам'яті поціновувачів MMA.

"Стефан Боннар був одним із найважливіших бійців, які коли-небудь виступали в октагоні. Він ніколи не буде забутий. Вболівальники любили його, з повагою ставилися до нього, і він завжди старався щосили. Його не вистачатиме", – сказав президент UFC Дана Вайт для офіційного сайту організації.

Найпам'ятнішим поєдинком Боннара є його протистояння з Форрестом Гріффіном у 2005 році в рамках шоу The Ultimate Fighte. Цей поєдинок називають одним з найепічніших, що змінило цей спорт назавжди.