Менотти быстро закончил карьеру футболиста, большую часть которой провел на родине. Впрочем долго не остался без футбола и решил стать тренером.
После успеха на клубном уровне ему поручили должность главного тренера сборной Аргентины. Несмотря на огромные проблемы с составом и сложной политической ситуацией Сесар Луис Менотти стал первым в истории тренером, с которым Аргентина выиграла чемпионат мира. Произошло это на домашнем Мундиале в 1978 году. Правда, после такого успеха наставник долго не задерживался в сборной и вскоре возглавил каталонскую Барселону.
С "блаугранас" быстро выиграл три трофея, среди которых Кубок и Суперкубок Испании и Кубок лиги, и покинул клуб. Позже работал в Атлетико, ряде аргентинских клубов, сборной Мексики и тому подобное.
